細(xì)菌基因組測(cè)序
細(xì)菌基因組測(cè)序
【添加時(shí)間：2016-09-22 10:10:13】【來(lái)源：】【作者：dggadmin】
由于具有讀長(zhǎng)長(zhǎng)的特點(diǎn)，第三代測(cè)序平臺(tái)在基因組測(cè)序中能降低測(cè)序后的Contig數(shù)量，明顯減少后續(xù)的基因組拼接和注釋的工作量，節(jié)省大量的時(shí)間。
SMRT測(cè)序技術(shù)做細(xì)菌全基因組測(cè)序的技術(shù)路線如下：
文庫(kù)構(gòu)建 -> PacBio測(cè)序 -> 序列組裝 -> 繪制基因組完成圖 -> 生物信息分析
生物信息分析包括：基因預(yù)測(cè)及功能注釋、基因家族分析、共線性分析、非編碼RNA注釋、重復(fù)序列注釋、CRISPR預(yù)測(cè)、前噬菌體預(yù)測(cè)、基因島預(yù)測(cè)等。
SMRT測(cè)序技術(shù)做細(xì)菌全基因組測(cè)序的技術(shù)路線如下：
文庫(kù)構(gòu)建 -> PacBio測(cè)序 -> 序列組裝 -> 繪制基因組完成圖 -> 生物信息分析
圖1 細(xì)菌全基因組測(cè)序流程
生物信息分析包括：基因預(yù)測(cè)及功能注釋、基因家族分析、共線性分析、非編碼RNA注釋、重復(fù)序列注釋、CRISPR預(yù)測(cè)、前噬菌體預(yù)測(cè)、基因島預(yù)測(cè)等。
圖2 基因組及甲基化組完成圖示例
