生物信息學(xué)服務(wù)
Alpha多樣性分析
【添加時(shí)間:2016-09-12 09:22:05】【來(lái)源:】【作者:dggadmin】
       Alpha多樣性分析主要包括Shannon多樣性指數、Chao1豐富度指數、Simpson指數等多樣性指數的計算,以及下列圖表的繪制。
      

1. 稀釋曲線(xiàn) (Rarefaction Curve)

       稀釋曲線(xiàn)是指從樣本中隨機抽取一定數量的個(gè)體,統計出個(gè)體所代表物種數目,以個(gè)體數與物種數來(lái)構建的曲線(xiàn)。曲線(xiàn)趨于平坦說(shuō)明測序深度合理,更多的測序量對發(fā)現新OTU的邊際貢獻很??;反之則表明繼續測序還可能產(chǎn)生較多新的OTU。

\

圖1 稀釋曲線(xiàn)
橫軸:從某個(gè)樣品中隨機抽取的序列數目(測序深度)。
縱軸:基于該測序條數能構建的OTU數量。

2. Shannon-Wiener 曲線(xiàn)

       Shannon-Wiener 曲線(xiàn)反映樣品中微生物多樣性的指數,利用各樣品的測序量在不同測序深度時(shí)的微生物多樣性指數構建曲線(xiàn),以此反映各樣本在不同測序數量時(shí)的微生物多樣性。當曲線(xiàn)趨向平坦時(shí),說(shuō)明測序數據量足夠大,可以反映樣品中絕大多數的微生物物種信息。
\

圖2 Shannon-Wiener 指數曲線(xiàn)
橫軸:從某個(gè)樣品中隨機抽取的測序條數。
縱軸:Shannon-Wiener 指數,用來(lái)估算群落多樣性的高低。

3. Rank-Abundance 曲線(xiàn)

       Rank-Abundance 曲線(xiàn)用于同時(shí)解釋樣品多樣性的兩個(gè)方面,即樣品所含物種的豐富程度和均勻程度。物種的豐富程度由曲線(xiàn)在橫軸上的長(cháng)度來(lái)反映,曲線(xiàn)越寬,表示物種的組成越豐富;物種組成的均勻程度由曲線(xiàn)的形狀來(lái)反映,曲線(xiàn)越平坦,表示物種組成的均勻程度越高。
\
 
圖3 Rank-Abundance 曲線(xiàn)
橫軸:OTU 相對豐度含量等級降序排列。
縱軸:樣品(組)中的OTU數目。



上一篇:16S/18S/ITS測序標準分析
下一篇:非約束排序(PCoA/NMDS等)