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Alpha多樣性分析
【添加時(shí)間：2016-09-12 09:22:05】【來源：】【作者：dggadmin】
Alpha多樣性分析主要包括Shannon多樣性指數(shù)、Chao1豐富度指數(shù)、Simpson指數(shù)等多樣性指數(shù)的計(jì)算，以及下列圖表的繪制。
圖1 稀釋曲線
橫軸：從某個(gè)樣品中隨機(jī)抽取的序列數(shù)目(測序深度)。
縱軸：基于該測序條數(shù)能構(gòu)建的OTU數(shù)量。
圖2 Shannon-Wiener 指數(shù)曲線
橫軸：從某個(gè)樣品中隨機(jī)抽取的測序條數(shù)。
縱軸：Shannon-Wiener 指數(shù)，用來估算群落多樣性的高低。
縱軸：樣品(組)中的OTU數(shù)目。
1. 稀釋曲線 (Rarefaction Curve)
稀釋曲線是指從樣本中隨機(jī)抽取一定數(shù)量的個(gè)體，統(tǒng)計(jì)出個(gè)體所代表物種數(shù)目，以個(gè)體數(shù)與物種數(shù)來構(gòu)建的曲線。曲線趨于平坦說明測序深度合理，更多的測序量對發(fā)現(xiàn)新OTU的邊際貢獻(xiàn)很?。环粗畡t表明繼續(xù)測序還可能產(chǎn)生較多新的OTU。圖1 稀釋曲線
縱軸：基于該測序條數(shù)能構(gòu)建的OTU數(shù)量。
2. Shannon-Wiener 曲線
Shannon-Wiener 曲線反映樣品中微生物多樣性的指數(shù)，利用各樣品的測序量在不同測序深度時(shí)的微生物多樣性指數(shù)構(gòu)建曲線，以此反映各樣本在不同測序數(shù)量時(shí)的微生物多樣性。當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說明測序數(shù)據(jù)量足夠大，可以反映樣品中絕大多數(shù)的微生物物種信息。圖2 Shannon-Wiener 指數(shù)曲線
縱軸：Shannon-Wiener 指數(shù)，用來估算群落多樣性的高低。
3. Rank-Abundance 曲線
Rank-Abundance 曲線用于同時(shí)解釋樣品多樣性的兩個(gè)方面，即樣品所含物種的豐富程度和均勻程度。物種的豐富程度由曲線在橫軸上的長度來反映，曲線越寬，表示物種的組成越豐富；物種組成的均勻程度由曲線的形狀來反映，曲線越平坦，表示物種組成的均勻程度越高。圖3 Rank-Abundance 曲線
橫軸：OTU 相對豐度含量等級降序排列。縱軸：樣品(組)中的OTU數(shù)目。
