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群落組成分析
【添加時(shí)間:2016-09-12 09:28:24】【來(lái)源:】【作者:dggadmin】
     群落組成分析是基于OTU豐度表及其微生物分類(lèi)(門(mén)、綱、目、科、屬)所做的分析,主要包含以下幾個(gè)方面:

1. 樣本群落組成圖

    根據分類(lèi)學(xué)分析結果,可以得知多個(gè)樣品在各分類(lèi)水平上的物種組成比例情況,反映樣品在不同分類(lèi)學(xué)水平上的群落結構。根據具體情況可選擇合適的作圖類(lèi)型(柱狀圖、散點(diǎn)/折線(xiàn)圖、餅圖等):
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圖1 樣本群落組成圖

2. 樣品OTU 分布Venn 圖

     用于統計多個(gè)樣品中共有或獨有的OTU數目,可以比較直觀(guān)地表現各組樣品之間的OTU 組成相似程度。
圖3.2中各個(gè)數字代表了某組樣品獨有或幾組樣品共有的OTU 數量,對分析要求:樣品分組至少2個(gè),最多5 個(gè)。


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圖2 樣品OTU 分布Venn圖

3. 熱圖 (Heatmap)

     熱圖用顏色變化來(lái)反映微生物群落(或功能)的豐度信息,它可以直觀(guān)地將數值大小用顏色深淺表示出來(lái)。也可以將高豐度和低豐度的物種分塊聚集,通過(guò)顏色梯度及相似程度來(lái)反映多個(gè)樣品在各分類(lèi)水平上群落組成的相似性和差異性。
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圖3 高豐度OTU的熱圖
    左邊是微生物分類(lèi),右邊是OTU編號,下邊文字是樣品名稱(chēng),顏色反映OTU在樣品中的相對豐度。



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