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LDA EffectSize分析 (LEfSE)
【添加時(shí)間:2016-09-12 09:33:28】【來(lái)源:】【作者:dggadmin】
        LEfSE分析可以實(shí)現多個(gè)分組之間的比較,還進(jìn)行分組比較的內部進(jìn)行亞組比較分析,從而找到組間在豐度上有顯著(zhù)差異的物種(即biomaker)。
        LDA值分布柱狀圖展現不同組中豐度有顯著(zhù)差異的物種,柱狀圖的長(cháng)度代表顯著(zhù)差異物種的影響大小。進(jìn)化分支圖由內至外輻射的圓圈代表了不同的分類(lèi)級別(例如從界到屬)。每一個(gè)小圓圈代表該水平下的一個(gè)分類(lèi),小圓圈直徑大小與相對豐度大小呈正比。無(wú)顯著(zhù)差異的物種統一著(zhù)色為黃色,差異物種按分組顏色著(zhù)色。
 
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圖1  LDA值分布柱狀圖(A)和進(jìn)化分支圖(B)

 
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圖2 LEfSE分析顯示不同分組之間的種群豐度差異(以Acidobacteria門(mén)為例)

參考文獻:Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.



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