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共發(fā)生網(wǎng)絡(luò )(Co-occurrence)
【添加時(shí)間:2016-09-12 09:35:08】【來(lái)源:】【作者:dggadmin】
        Co-occurrence網(wǎng)絡(luò )可以揭示微生物群落中菌群之間的生態(tài)學(xué)關(guān)系。在正相關(guān)為主的網(wǎng)絡(luò )中,網(wǎng)絡(luò )模塊(module)相當于適應同一生態(tài)位的菌群,它們傾向于共發(fā)生。通過(guò)Mantel test可以找出影響這些模塊的關(guān)鍵環(huán)境因子。每個(gè)網(wǎng)絡(luò )包含的樣品數目最好不低于8個(gè)。  
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圖1 兩個(gè)Co-occurrence網(wǎng)絡(luò )
        ?圖中的節點(diǎn)表示OTU,邊(兩節點(diǎn)之間的連線(xiàn))表示兩個(gè)OTU存在顯著(zhù)正相關(guān)(Spearman ρ>0.6, p<0.01)。節點(diǎn)大小表示該節點(diǎn)的邊數目多少,邊的粗細代表相關(guān)性大小,顏色代表同一模塊,節點(diǎn)標簽是OTU所屬菌群分類(lèi)。



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