生物信息學(xué)服務(wù)
共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)(Co-occurrence)
【添加時(shí)間：2016-09-12 09:35:08】【來源：】【作者：dggadmin】
Co-occurrence網(wǎng)絡(luò)可以揭示微生物群落中菌群之間的生態(tài)學(xué)關(guān)系。在正相關(guān)為主的網(wǎng)絡(luò)中，網(wǎng)絡(luò)模塊(module)相當(dāng)于適應(yīng)同一生態(tài)位的菌群，它們傾向于共發(fā)生。通過Mantel test可以找出影響這些模塊的關(guān)鍵環(huán)境因子。每個(gè)網(wǎng)絡(luò)包含的樣品數(shù)目最好不低于8個(gè)。
圖1 兩個(gè)Co-occurrence網(wǎng)絡(luò)
?圖中的節(jié)點(diǎn)表示OTU，邊(兩節(jié)點(diǎn)之間的連線)表示兩個(gè)OTU存在顯著正相關(guān)(Spearman ρ>0.6, p<0.01)。節(jié)點(diǎn)大小表示該節(jié)點(diǎn)的邊數(shù)目多少，邊的粗細(xì)代表相關(guān)性大小，顏色代表同一模塊，節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽是OTU所屬菌群分類。
上一篇：LDA EffectSize分析 (LEfSE)
下一篇：16S rRNA基因預(yù)測功能 (PICRUSt)
