生物信息學(xué)服務(wù)
16S rRNA基因預測功能 (PICRUSt)
【添加時(shí)間:2016-09-12 09:36:06】【來(lái)源:】【作者:dggadmin】
        PICRUSt可以根據16S rRNA基因測序數據預測樣品中的微生物功能類(lèi)別相對豐度。該分析適用于腸道、口腔等菌群多樣性較低的樣品,土壤樣品由于菌群結構復雜、未培養菌比例高,預測效果不理想。
 

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圖1:用PICRUSt 預測的KEGG Orthology (KO)數據庫功能類(lèi)別的相對豐度

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圖2:PICRUSt 分析流程


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圖3:PICRUSt預測細菌和古菌的準確性(外圈簇的高度表示準確性)

 
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圖4:PICRUSt 對不同樣品的預測效果

參考文獻:Langille, M. G.I.*; Zaneveld, J.*; Caporaso, J. G.; McDonald, D.; Knights, D.; a Reyes, J.; Clemente, J. C.; Burkepile, D. E.; Vega Thurber, R. L.; Knight, R.; Beiko, R. G.; and Huttenhower, C. Nature Biotechnology, 1-10. 8 2013.



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