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16S rRNA基因預(yù)測功能 (PICRUSt)
【添加時(shí)間：2016-09-12 09:36:06】【來源：】【作者：dggadmin】
PICRUSt可以根據(jù)16S rRNA基因測序數(shù)據(jù)預(yù)測樣品中的微生物功能類別相對豐度。該分析適用于腸道、口腔等菌群多樣性較低的樣品，土壤樣品由于菌群結(jié)構(gòu)復(fù)雜、未培養(yǎng)菌比例高，預(yù)測效果不理想。
參考文獻(xiàn)：Langille, M. G.I.*; Zaneveld, J.*; Caporaso, J. G.; McDonald, D.; Knights, D.; a Reyes, J.; Clemente, J. C.; Burkepile, D. E.; Vega Thurber, R. L.; Knight, R.; Beiko, R. G.; and Huttenhower, C. Nature Biotechnology, 1-10. 8 2013.
圖1：用PICRUSt 預(yù)測的KEGG Orthology (KO)數(shù)據(jù)庫功能類別的相對豐度
圖2：PICRUSt 分析流程
圖3：PICRUSt預(yù)測細(xì)菌和古菌的準(zhǔn)確性(外圈簇的高度表示準(zhǔn)確性)
圖4：PICRUSt 對不同樣品的預(yù)測效果
參考文獻(xiàn)：Langille, M. G.I.*; Zaneveld, J.*; Caporaso, J. G.; McDonald, D.; Knights, D.; a Reyes, J.; Clemente, J. C.; Burkepile, D. E.; Vega Thurber, R. L.; Knight, R.; Beiko, R. G.; and Huttenhower, C. Nature Biotechnology, 1-10. 8 2013.
